Ce bâtiment fut utilisé entre 1570 et 1820 par la Sainte Inquisition venue d’Espagne pour veiller à la pureté de la foi des Péruviens. Après l’expulsion de l’institution, c’est le Sénat qui s’y établit. Le musée abrite une impressionnante collection d’objets utilisés par l’Inquisition pour les interrogatoires et les tortures, ainsi que des représentations en cire grandeur nature des torturés. Les explications nécessaires sur cette institution et ses activités au cours des siècles sont très didactiques et saisissantes.